バージョンアップをしたら、初期設定をもう一度行なってください。
ファイヤーウォールの除外設定や、ポートの開放などをやり直す必要があります。また、「クリーンインストール」の場合は、全て初期値に戻っていますので、ポート番号が変わっていたり、新設されたオプションが正しく設定されていないこともあるでしょう。
そんなこともあります。
まず、最新版の「クリーンインストール」をおためし下さい。(雑誌等のCD-ROMの収録バージョンは最新でない可能性があります)
BitComet新掲示板で不具合が多数報告されていないか、確認してみてください。